22 июня 1941 года во дворе института состоялся митинг. Его открыл заведующий кафедрой марксизма-ленинизма И.К. Беломестных. Говоря о вероломном нападении фашисткой Германии, он обратился к героической истории нашей Родины: победам над немцами на Чудском озере, под Нарвой и Выборгом. В выступлениях директора института Г.Х. Алафинова, преподавателей и студентов, в принятой на митинге революции прозвучала готовность немедленно выступить на защиту Отечества. И уже на следующий день многие из участников митинга обратились в военкомат с просьбой отправить их на фронт добровольцами.
В начале войны главный учебный корпус был сдан под госпиталь, самый крупный и хорошо оснащенный в городе. Обслуживали его более 400 специально подготовленных врачей, медсестер и санитарок. Студенты и преподаватели шефствовали над палатами раненых воинов.
Учебный процесс не останавливался. Из-за значительного сокращения учебно-материальной базы вуза был закрыт ветеринарный факультет, но вместо него был открыт агрономический.
С 25 октября 1941 г. до начала 1942 г. коллектив института в полном составе был мобилизован на оборонные работы на ближних подступах к Ставрополю. Затем занятия восстановились, но вуз продолжал оказывать посильную помощь фронту. На протяжении всей войны студенты и сотрудники принимали активное участие в сборе вещей для солдат. В посылки клали все: продукты, вещи первой необходимости, одежду.
В период оккупации Ставрополя, начавшийся 3 августа 1942 года, здание главного учебного корпуса сильно пострадало от бомбежек города. Были сожжены общежития, разрушены электростанция, баня, прачечная, студенческая столовая, пасека учебно-опытного хозяйства, разграблены овцеводческая и свиноводческая фермы. Из-за несвоевременной эвакуации института было безвозвратно потеряно большое количество учебно-наглядных пособий, книг, инвентарь и аппаратура кафедр.
В этот период директором института был назначен Феодосий Васильевич Козель. Это был опытный административный работник. Свою трудовую деятельность он начал в конце двадцатых годов в качестве ответственного инструктора Северо-Кввказского Крайколхозсоюза. Хорошо зная требования, предъявляемые к руководителям и специалистам сельского хозяйства, Феодосой Васильевич был полон желаний целенаправленно организовать учебный процесс в вузе. Но тогда, в 1942 году, сделать это ему помещала оккупация краевого центра.
Когда 3 августа 1942 года фашисты ворвались в Ставрополь, ими был захвачен эшелон нашего института. Не успев эвакуироваться, наш вуз понес огромный ущерб. Было безвозвратно потеряно большое количество учебно-наглядных пособий, книг и другого имущества.
Тяжелая участь постигла многих студентов и преподавателей вуза в период оккупации. Среди них Дора Карабут – студентка зоотехнического факультета, в составе партизанского отряда проводила в тылу врага разведывательную работу. В декабре 1942 года была предана полицейским в селе Арзгир, подверглась пыткам и была расстреляна в фашистских застенках города Буденновска. Среди жертв геноцида оказалась Маргарита Карловна Крымская, кандидат биологических наук, профессор, заведующая кафедрой, которая была расстреляна вместе с шестилетним сыном.
21 января 1943 года немецко-фашистские захватчики были изгнаны из города. Несмотря на огромный ущерб, нанесенный институту, - взорванный и сожженный главный учебный корпус, разрушенные прилегающие к нему здания, уже 25 января на зоотехническом и агрономическом факультете продолжились прерванные войной занятия.
В 1943-1944 учебном году вновь открылся ветеринарный факультет. От разрушенного оккупантами главного учебного корпуса остались только обгорелые стены с висевшими внутри здания обломками. Героическим трудом, всего за два месяца, студенты восстановили один из разрушенных корпусов института. Чтобы войти в учебную аудиторию, изголодавшие по знаниям студенты работали на стройке даже по ночам. Из-за отсутствия машин и механизмов почти все работы они выполняли в ручную. Источником сил студентов тех лет была не борьба за выживание, а желание своим трудом помочь людям, стране. И потому самым радостным днем для студентов и сотрудников вуза было 9 мая 1945 года, когда над вузом взвился красный флаг Победы.
Приказом Всесоюзного комитета по делам высшей школы при СНК СССР №253 от 19 июня 1944 года Ворошиловский зооветеринарный институт был переименован в Ставропольский сельскохозяйственный институт.
